Tools




news

RSS

Classification of cancer according to their molecular profile could improve the outcome of the disease

Cancer is typically classified according to the tissue of origin. However, current possibilities offered by large-scale genomic studies allows to retrieve in detail the specific molecular profile of each tumor and classify the disease more accurately. By using the molecular profile of a multi-tumor cohort of 3,500 patients of the twelve most prevalent malignancies, a new taxonomy of cancer has been identified.

The results of this study were published in the August number of the journal Cell by the Cancer Genome Atlas consortium, led by the Buck Institute (USA) and with the participation of Nuria Lopez-Bigas, head of the Biomedical Genomics group of GRIB and ICREA researcher, and David Tamborero, a member of her group. As said Lopez-Bigas "This work is an unprecedented effort to take advantage of all the data generated by multi-platform large scale studies. This strategy aims to obtain a more accurate classification of each cancer patient to improve their diagnosis and treatment".

 Hoadley KA et al. Multiplatform analysis of 12 cancer types reveals molecular classification within and across tissues of origin. Cell, 2014; 158: 929-944.

More information

19/09/2014

The ESTIV Best Poster Award at Eurotox2014 goes to Chemotargets

Chemotargets, the spin-off of the Systems Pharmacology group of GRIB (IMIM-UPF), has been awarded with the European Society for Toxicology In Vitro (ESTIV) Best Poster Award at the conference Eurotox2014 held in Edinburgh (Scotland) last September.

The poster entitled "Computational prediction of off-target related risks of molecules: cardiotoxicity, hepatotoxicity, and reproductive toxicity" was done in collaboration with the pharmaceutical company Sanofi. The work shows how the prediction of the pharmacological profile of a molecule, made using the software CTlink developed at Chemotargets, allows for identifying relationships between unintended protein interactions (off-target) and different modes of toxicity.

More information

18/9/2014

Parts of the genome without a known function may play a key role in the birth of new proteins

Researchers of the Evolutionary Genomics group of GRIB (IMIM-UPF) and the Universitat Politècnica de Catalunya (UPC) have recently published a study in eLife showing that RNA called non-coding (IncRNA) plays an important role in the evolution of new proteins, some of which could have important cell functions yet to be discovered.

We have confirmed that in all six species that were studied –human beings, mice, fish, flies, yeast and a plant– many of the IncRNAs were associated to ribosomes and seemed to be ready to translate RNA into proteins. This suggests that they could act as a repository for the synthesis of new proteins” explains Mar Albà, ICREA professor and leader of the Evolutionary Genomics grup.

Article Ref.: Ruiz-Orera J, Messeguer X, Subirana JA, Alba MM. Long non-coding RNAs as a source of new peptides. eLife, 2014;3: e03523

More information

16/9/2014

Interview to Magda Gayà-Vidal, a former student of GRIB

Click here to have a look to the interview to Magda Gayà-Vidal, a former student of GRIB, talking about the results obtained in her master thesis carried out in the Evolutionary Genomics group, which has been recently published.

Apart from talking about the most interesting results of that study (the identification of ~200 genes that have evolved more rapidly in humans than in other primates), it was also the opportunity to talk about research in genetics in plain language.

Article ref.: Gayà-Vidal M & Albà MM (2014). Uncovering adaptive evolution in the human lineage. BMC Genomics 15:599.

More information

21/07/2014

Identificats prop de 200 gens que han evolucionat més ràpid en els humans que en altres primats

Un estudi realitzat per investigadors del grup de Genòmica Evolutiva del GRIB (IMIM-UPF) ha utilitzat noves dades genètiques humanes per conèixer més sobre les mutacions que podrien haver conferit un avantatge selectiu als essers humans, en els darrers 5 milions d’anys d’evolució. Això permet als investigadors obtenir una nova visió de l’evolució humana. Els resultats d'aquest estudi s’acaben de publicar a la revista BMC Genomics.

Segons Mar Albà, professora ICREA i coordinadora del grup de recerca en Genòmica Evolutiva del GRIB  “Aquesta variació ens dóna una mesura de la proporció de canvis d'aminoàcids que una proteïna típicament té mentre conserva la seva funció. Un cop tenim aquest valor, podem contar les diferències amb la proteïna ancestral d’humans i ximpanzés i si trobem que hi ha hagut més canvis dels esperats és perquè la funció de la proteïna possiblement ha canviat durant l’evolució dels humans”.

Article de referència:

Gayà-Vidal M & Albà MM (2014). Uncovering adaptive evolution in the human lineage. BMC Genomics 15:599. http://www.biomedcentral.com/1471-2164/15/599.

More information

Thesis defence of Ramon Guixà: "Modeling the interplay between membrane lipids and GPCRs"

On July 23rd, Ramon Guixà, member of the PharmacoInformatics group of GRIB (IMIM-UPF) will defend his thesis at 10.00 at the Xipre room of  the PRBB. You are all invited to this event.

More information

El repte de la ingent quantitat de dades que generem és gestionar-les i interpretar-les

Què és el Big Data? Quina relació té amb la recerca en les ciències de la vida? Quin són els reptes i els perills d'aquest trànsit complex i quantiós que la tecnologia imposa? Ferran Sanz, director del GRIB i director científic del Bioinformàtics Barcelona, BIB , explica la importància d'aquesta plataforma de recent creació per concentrar el potencial bioinformàtic del país i projectar-lo a l’exterior.

Per veure el video clica aqui

More information

09/05/2014

GPCR Spring Conference 2014 at PRBB

Understanding the complex nature of G protein-coupled receptors (GPCR) functionality and exploiting this knowledge for the design of new GPCR modulators has been the central focus of GPCR Spring Conference 2014 organized by the GRIB researchers Jana Selent and Maria Martí at Barcelona Biomedical Research Park (Barcelona) from 28-30th April. 

The conference program attracted more than 150 international experts specialized in state-of-the-art computational and experimental methods to explore this receptor family. Special emphasis has been given to contributions of junior scientists in the form of short talks and posters. Most importantly, the event has succeeded in promoting and strengthening the GLISTEN community – a recently established European multidisciplinary network of researchers investigating G protein-coupled receptor signalling.

More information

23/4/2014

Bioinformatics Barcelona ja aplega més de 40 entitats entre universitats, centres de recerca i empreses

La plataforma Bioinformatics Barcelona (BIB) va presentar ahir, 22 d'abril, el seu Pla Estratègic, en un acte presidit per Antoni Castellà, secretari d’Universitats i Recerca, a CaixaForum Barcelona. El BIB té el suport de 44 entitats del sistema de recerca i industrial català, entre les quals estan l’IMIM i la UPF.

El Pla Estratègic defineix línies d’acció ens els àmbits de la visibilitat, la formació, la col·laboració interna i externa, i la recerca i transferència, com a prioritats estratègiques. Aquest pla concreta les accions a fer en els propers anys i és el resultat del procés de consulta i diàleg portat a terme amb tots els sectors implicats en el camp de la bioinformàtica, entesa com a l’aplicació de les ciències computacionals per al tractament de dades biològiques.

El BIB està presidit per Ana Ripoll, ex rectora de la UAB, i compta amb la direcció científica de Ferran Sanz, director del programa de Recerca en Informàtica Biomèdica, GRIB (UPF-IMIM). La Generalitat de Catalunya i l’Obra Social “la Caixa” donen suport a aquesta nova iniciativa.

More information

Fragus

10/4/2014

Recents avenços per a l'estudi de les proteïnes i les seves interaccions

El grup de recerca en Bioinformàtica Estructural del GRIB (IMIM-UPF) que lidera Baldo Oliva ha presentat dos servidors web que facilitaran l'estudi de les configuracions de proteïnes i l'expressió de gens que intervenen en la manifestació de diverses malalties.

Un dels servidors desenvolupats pel grup de recerca  en Bioinformàtica Estructural s'anomena FRAGRUS i està adreçat al disseny de proteïnes. Aquest treball publicat a Bioinformatics s'ha fet en col·laboració amb Narcís Fernández-Fuentes, cap de grup de Bioinformàtica a la Universitat de Aberystwyth (Regne Unit), investigador que està fent una estada de recerca de dos anys al GRIB gràcies a un ajut TecnioSpring d'ACC10.

L'altre servidor web desenvolupat es el GUILDify per a la caracterització fenotípica de gens.Com ha manifestat Baldo Oliva: "l'estudi de les interaccions físiques entre proteïnes codificades per gens implicats en malalties específiques ha permès fer servir el principi de "culpabilitat per associació" per tal de predir aquestes noves dianes"

More information



Site Information