GRIB. Research Unit on Biomedical Informatics





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El GRIB participa en el II Simposi en Bioinformàtica i Biologia Computacional

El GRIB participa en el II Simposi en Bioinformàtica i Biologia Computacional que es celebra avui 12 de desembre, de 9.00 a 18.30 hores, a la seu de l'Institut d'Estudis Catalans (C/ Carme, 47. Barcelona).

La jornada ha estat oberta per Roderic Guigó, catedràtic de genètica del Departament de Ciències Experimentals i de la Salut (CEXS) de la UPF i coordinador de la secció la Secció de Biologia Computacional de la Societat Catalana de Biologia de l'IEC, conjuntament amb Anna Ripoll, presidenta de Bioinformatics Barcelona (BiB).

El programa del simposi s'articula al voltant de quatre sessions,  a càrrec de rellevants ponents en els àmbits de la Jornada: John Overington, EBI-EMBL Cambridge (Regne Unit); David Posada, Universitat de Vigo, Alfonso Valencia, CNIO (Madrid) i Ramon Maspons, AQuAS (Barcelona), cadascun dels quals presentarà dos treballs seleccionats.

Aquesta és la segona trobada de bioinformàtics de Catalunya, i compta amb la col·laboració de Bioinformatics Barcelona (BiB), una nova plataforma de la qual  Ferran Sanz, director del GRIB (UPF-IMIM), n'és el director científic.

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El proyecto EMIF permitirá la reutilización eficiente de las fuentes de información biomédica

El proyecto "tiene como objetivo la creación de un espacio que permita la reutilizacion eficiente de las fuentes de información biomédica", explica Ferran Sanz, director del GRIB. Actualmente, "la gran cantidad de información relacionada con la salud de las personas abre posibilidades de avanzar en la investigación médica y en el desarrollo de nuevos tratamientos", indica; pero "estos datos se encuentran almacenados en repositorios dispersos, situados habitualmente de forma aislada en distintos sistemas, utilizando diferentes lenguajes de codificación e idiomas", añade. A través de EMIF se quiere promover la Plataforma Común de Información "que posibilite el acceso, la conexión y el análisis de fuentes de información clínica y de investigación biomédica, y la gestión de aspectos relativos al uso de estándares de datos, interoperabilidad semántica o aspectos legales, de ética y privacidad, para mejorar la práctica clínica en beneficio de los pacientes y de la población en general".

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Last project

eTOX

Integrating bioinformatics and chemoinformatics approaches for the development of expert systems allowing the in silico prediction of toxicities. European project funded by IMI, extended until 2016 and coordinated by the GRIB. The eTOX project aims to develop a drug safety database from the pharmaceutical industry legacy toxicology reports and public toxicology data, innovative in silico strategies and novel software tools to better predict the toxicological profiles of small molecules in early stages of the drug development pipeline.

http://www.e-tox.net/index.html

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Last publications

  • Carbonell P, Trosset JY. Computational protein design methods for synthetic biology. Methods Mol Biol,2015;1244:3-21 . PMID: 25487090 . DOI: 10.1007/978-1-4939-1878-2_1..
  • Dumontier M, Baker CJO, Baran J, Callahan A, Chepelev L, Cruz-Toledo J, Del Rio NR, Duck G, Furlong LI, Keath N, Klassen D, McCusker JP, Queralt-Rosinach N, Samwald M, Villanueva-Rosales N, Wilkinson MD, Hoehndorf R. The Semanticscience Integrated Ontology (SIO) for biomedical research and knowledge discovery. J Biom Sem, 2014; 5:14 DOI: 10.1186/2041-1480-5-14.
  • Antolin A, Mestres J*. Distant Polypharmacology among MLP Chemical Probes. ACS Chem Biol 2014. PMID: 25365788 .
  • Guiu J, Bergen D, De Pater E, Islam A, Ayllón V, Gama-Norton L, Ruiz-Herguido C, González J, López-Bigas N, Menéndez P, Dzierzak E, Espinosa L, Bigas A*. Identification of Cdca7 as a novel Notch transcriptional target involved in hematopoietic stem cell emergence. J Exp Med, 2014; 211 (12): 2411-2423. PMID: 25385755 . DOI: 10.1084/jem.20131857.

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