GRIB. Research Unit on Biomedical Informatics





News & activities

Tutorial on DisGeNET platform at the European Conference on Computational Biology 2016

We are pleased to announce the tutorial "DisGeNET: a discovery platform to support translational research on human diseases" at the European Conference on Computational Biology 2016.  The tutorial will be held by Janet Piñero and Laura I. Furlong, postdoctoral researcher and head of the Integrative Biomedical Informatics group of GRIB (IMIM - UPF) respectively, on September the 4th, and is aimed at a variety of audiences: computational biologists, systems biology users, biologists, and healthcare practitioners.

DisGeNET is a discovery platform integrating information on gene-disease associations from several public data sources and the literature. DisGeNET integrates expert-curated databases with text-mined data, and it is one of the largest available repositories of its kind.

Click here for the online registration at the tutorial.   

The ECCB 2016 will take place on 3-7 September and is jointly organized by the Dutch Techcentre for Life Sciences, the BioSB research school and ELIXIR, in association with the Vrij Universiteit Amsterdam and the Delft University of Technology. The ECCB 2016 will take place in the historic city of The Hague in the Netherlands. It is the main computational event in 2016 and will welcome scientists working in a variety of disciplines, including bioinformatics, computational biology, biology, medicine, and systems biology. Participating in ECCB 2016 will be the perfect opportunity to keep pace with cutting edge research, and to network with members of ECCB community.

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Fuente: Petra Lahann

Investigadores del GRIB participan en un estudio que investiga por primera vez la regulación de los genes en un primate mientras hiberna

En el estudio, publicado en la revista Genome Biology and Evolution, han participado José Luis Villanueva-Cañas y Mar Albà, investigador postdoctoral y jefe del grupo de investigación en genómica evolutiva del GRIB (IMIM-UPF), respectivamente, que han realizado la parte computacional y de análisis de datos, así como investigadores del Duke Lemur Center y de la Universidad de Duke.

En este trabajo se investiga por primera vez la regulación de los genes en primates hibernados, en concreto el lémur enano de cola gruesa (cheirogaleus medius), una especie excepcional muy poco estudiada y la única capaz de hibernar, subsistiendo con los lípidos que ha almacenado en la cola durante el resto del año. El trabajo además es uno de los pocos estudios sobre la hibernación que utiliza una técnica moderna llamada RNAseq que permite ver a nivel global qué genes se están expresando y cuantificarlos. 

Según el Dr. Villanueva-Cañas, actualmente investigador del Instituto de Biología Evolutiva (UPF-CSIC) "aparte del interés biológico, el estudio de la hibernación es muy interesante también desde el punto de vista médico, ya que estamos hablando de animales que disminuyen drásticamente su metabolismo (temperatura, respiración, ayunas, actividad cerebral, etc) a unos niveles que serían letales para especies sin esta adaptación" y añade "dado que encontramos muchos mamíferos capaces de hibernar sin un patrón claro, creemos que el ancestro común a todos los mamíferos quizá tenía la capacidad de hibernar. Esto querría decir que muchos de los genes involucrados están también presentes en humanos y sería cuestión de averiguar cuáles son y cómo podemos manipularlos por nuestros intereses". Los investigadores han encontrado 90 genes, que incluyen genes involucrados en el metabolismo de los lípidos, la regulación del apetito o los ritmos biológicos.

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Last project

NONCODRIVERS

The project NONCODRIVERS "Finding noncoding cancer drivers", aims to characterize the role of mutations in non-coding regions in the most prevalent tumours of the population. The work will count with the collaboration of the International Cancer Genome Consortium, an organization created for the classification of the molecular profile of 50 different types of cancer. The project aims to identify those non-coding alterations that are more relevant for tumour biology through computational methods and will explore new therapeutic strategies that can revert its effects by means of the creation of the corresponding cellular models. The project​ is funded for the period 2016-2021 by the European Research Council (ERC) with an ERC Consolidator grants given to Nuria López-Bigas, head of the Biomedical Genomics group of GRIB.

http://bg.upf.edu/blog/2016/02/erc-consolidator-granted-to-our-lab-to-find-noncoding-cancer-drivers/

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Last publications

  • Rodriguez-Espigares I, Kaczor AA, Selent J. In silico Exploration of the Conformational Universe of GPCRsAuthor. Mol Inf, 2016; 35 (6-7):227-237 DOI: 10.1002/minf.201600012.
  • Ferruz N, De Fabritiis. GBinding Kinetics in Drug Discovery. Mol Inf, 2016; 35 (6-7):216-226 DOI: 10.1002/minf.201501018.
  • Rodor J, Pan Q, Blencowe BJ, Eyras E, Cáceres JF. The RNA-binding profile of Acinus, a peripheral component of the exon junction complex, reveals its role in splicing regulation. RNA, 2016. PMID: 27365209 . DOI: 10.1261/rna.057158.116.
  • Queralt-Rosinach N, Kuhn T, Chichester C, Dumontier M, Sanz F, Furlong LI. Publishing DisGeNET as nanopublications. Semantic Web, 7 (5): 519-528 DOI: 10.3233/SW-150189 2016.

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